Igaunija un Latvija ar diplomātiskajiem pārstāvjiem apmainījās jau 1918.gada decembrī. Diplomātiskās attiecības starp abām valstīm tika atjaunotas 1992.gada 3.janvārī. Kā pirmā atjaunotās Igaunijas vēstniece Latvijā 1992.g. 29. jūnijā darbu uzsāka Leili Utno.
Pašlaik Igaunijas vēstnieks Latvijā ir Eerik Marmei, kas savu akreditācijas rakstu Latvijas prezidentam Egilam Levitam iesniedza 17.08.2023. g.
Latvijas vēstnieks Igaunijā šobrīd ir Kristīne Našeniece.