Pirmā igauņu valodas skola Rīgā tika dibināta 19.gs.beigās. Tā bija Pētera- Paula baznīcas divgadīgā baznīcskola, kas bija paredzēta pareizticīgajiem. Lai uzlabotu mācību iespējas, 1908.gadā atklāja Igauņu Izglītības un Palīdzības biedrības sešklasīgo sākumskolu, kas kopš 1913.gada darbojās biedrības namā. Tajā laikā skolā mācījās vairāk nekā simts skolnieku. Skola darbojās no 1922.gada līdz 1940.gadam kā četrklasīga sākumskola un tās darbība tika atjaunota 1989.gadā.
1906.-1946.gados darbojās igauņu sākumskola arī pie Alūksnes Igauņu Izglītības biedrības. Skolnieku skaits bija aptuveni 60 – 70, divdesmitajos gados pat pāri simtam. Četrklasīgās igauņu sākumskolas bija arī Apē (apmēram 80 skolnieku), Ainažos un Veclaicenē (ap divdesmit skolnieku). Šīs skolas pārtrauca savu darbību 20.gados sakarā ar skolnieku trūkumu. 1864.gadā Ainažos tika dibināta Jūras skola, kurā mācību darbs ritēja paralēli igauņu un latviešu valodās, līdz 19.gs. 80.gados notika pāreja uz krievu valodu. Pierobežā dzīvojošie igauņi (piemēram Valkā uc.) bieži izglītoja savus bērnus Igaunijas skolās.